青海省地处三江源头，有中华水塔之称，全省水资源总量636.4亿立方米，居全国第16位。每平方公里占有水资源量8.8万立方米，为全国平均值的1/3，居全国各省区第27位，人均不资源量12168立方米/人，高于全国人均占有量。但水资源时空和区域间分布与人口分布和经济活动极不平衡，加之我省国民经济基础薄弱，发展滞后，水资源开发利用程度较低，全省资源型缺水和工程型缺水并存，尤其是人口较密集、经济较发达的东部湟水流域和开发潜力大的柴达木盆地，水资源十分紧缺。干旱缺水成为长期制约我省农牧业生产、城镇建设乃至整个国民经济发展的主要因素，严重影响着我省经济和社会发展。
    新中国成立前，我省水库工程是空白。我省水库工程建设开始于1958年，截至2001年底，属于地方建设管理的各类水库146座，其中大型2座、中型7座、小（Ⅰ）型39座、小（Ⅱ）型96座，总库容7.28亿立方米，主要分布在黄河干流、湟水及内陆河流域的西宁、海东、海南、海西等地，现已成为我省发展工农牧业生产，缓解城乡生活用水矛盾，抗御自然灾害的主要水利工程，在灌溉、供水、调蓄、发电及生态建设等方面发挥了重要作用。但由于我省水资源在时间上分布不均，汛期径流量占全年的比重大，我省水利建设，基本上以小型为主，缺乏大中型骨干蓄水工程，调节能力低，汛期大部分径流弃掉，水资源利用程度低，不少地区的水资源得不到合理利用，必须修建年调节和多年调节水库，调节径流，以满足工农业用水的需要。
    经过对全省水库建设项目的前期工作进展情况调查，按照项目重要性、迫切程度、效益、工程规模等因素进行筛选，确定18座水库工程项目为第一期预备实施的重点水源工程，将这18座水库打捆，命名为青海省重点水源，其中马什格羊水库、哇沿水库、扎毛水库、西纳川水库、小南川水库、云谷川水库等6座为中型水库，其余12座水库为小型水库。总库容为1.43亿立方米，总投资为13.87亿元。项目全部建成后，将新增有效农田灌溉面积16.76万亩，新增城镇和农村人饮供水量2374.53万立方米，解决43.83万人、94.09万头（只）牲畜的饮水问题；防洪保护人口11.48万人，保护耕地18.16万亩；新增装机容量0.45万kw，新增年发电量0.245亿kw·h。
    目前，青海省重点水源工程所含的18个项目的前期工作 ，大多数项目已完成可行性研究，个别项目正在抓紧编制可行性研究报告。经过对18个项目进行国民经济评价和财务评价，各项指标都能满足规范要求。
    青海省重点水源工程是我省“十五”期间乃至今后一个时期我省水利发展的重点工程，是我省实施西部大开发战略的一个重要的基础性步骤。该项目的实施，可改善湟水流域、黄河干流的柴达木等几个重点缺水地区的水资源状况，促进这些地区社会经济的发展和人民生活水平的提高。
    2003年4月完成了该工程项目建议书编制工作，并由省计委和省水利厅以青计农经[2003]344号文件联合上报国家计委和水利部审批。